公元1428年，东察合台汗国国王歪思汗战死后，他的两个儿子开始了汗位争夺战。

长子羽努斯占据西部，

次子也先不花占据东部。

公元1437年，长子羽努斯战败后，率领3万户部民逃亡帖木儿帝国。

帖木儿帝国兀鲁伯汗，热情接待了他们，待他们放松警惕之际，以提供食物为诱饵，将羽努斯身边所有贵族和将领骗进一座城堡中屠杀殆尽，属民则分给帖木儿帝国的贵族们。

长子羽努斯，失国后被帖木儿帝国兀鲁伯汗，安排得进入伊斯兰经学院上学，学习伊斯兰经典，一直到死。

次子也先不花，正式称为东察合台汗国可汗。

他就任的第一件事就是收复失地，想把西部的喀什噶尔收回来，

于是他派朵豁剌惕家族的赛亦的.阿里去以游击战的方式去袭扰喀什噶尔。

阿里，首先攻占了西部喀什噶尔周边的乡镇，封锁了商路，抢割了庄稼，就是不组织进攻。

就这样过了3年，

公元1440年，西部喀什噶尔的军民发动起义，抓捕了帖木儿帝国的官员，归顺东察合台汗国。

东东察合台汗国，实现了名义上得又一次统一。

也先不花即位初期，获得了所有人的支持，汗国政务蒸蒸日上。

但是不久，也先不花就开始宠信一个畏兀尔贵族，对蒙古贵族们冷淡下来。

这时期，东察合台汗国的贵族们力量空前强大，足以制约也先不花可汗。

于是，有一天在朝堂上，贵族们发难，

当着大汗也先不花的面将那位宠臣砍成碎片，

而也先不花，则连夜逃走。

朵豁剌惕家族的阿里，派人找到大汗也先不花，

将他接到阿克苏地区重新扶立为汗，其它贵族也纷纷重新表示效忠。

也先不花，决定通过对外战争来树威。

他开始向帖木儿帝国发动进攻，

一则，帖木儿帝国此时是帖木儿的孙子-不赛音执政，

国力大大下降，此时正是进攻的好机会。

二则，是发泄对帖木儿帝国收留自己大哥羽努斯和杀害东察合台汗国贵族的不满。

面对也先不花的进攻，帖木儿帝国不赛音，无力将之击退。

不赛音，这时突然想到自己手中还有一张牌-羽努斯。

羽努斯在获得帖木儿帝国充足的给养和军队后，进入东察合台汗国，一些不得志的贵族也纷纷加入到羽努斯的队伍。

羽努斯率军包围了喀什噶尔，

喀什噶尔守将-朵豁剌惕家族的阿里，向也先不花求救，

也先不花率6万大军驰援，羽努斯战败逃回帖木儿帝国。

不赛音，将费尔干纳安集延附近的一块地方赐给羽努斯作为反攻基地。

曾经的金帐汗国崩溃后，蓝帐汗国开始南迁，

他们在阿布海儿汗的带领下进入中亚，建立了一个疆域包括西伯利亚和锡尔河以北的游牧国家，他们就是乌兹别克汗国。

不久，在其族中又有一部出走，他们自称“哈萨克”，

这些出走者建立了哈萨克汗国。

哈萨克人进入东察合台汗国，也先不花划出一块地区给他们居住。

但是，不久事情就发生了变化。

瓦剌太师也先，杀死了北元皇帝脱脱不花，自立为“大元天圣可汗”。